Independiente comenzó la Copa Sudamericana 2017 eliminando en fases iniciales a Alianza Lima y Deportes Iquique, teniendo como estandarte a Emiliano Rigoni, que optó por ser transferido al Zenit St. De regreso a la máxima categoría Independiente obtuvo una buena cuarta posición en el Torneo Transición 2014 con Jorge Almirón como director técnico, que lo clasificó a la Copa Sudamericana 2015. Teniendo aún un equipo en formación, el equipo alcanzó los cuartos de final cayendo ante Independiente Santa Fe, que terminó saliendo campeón del torneo sudamericano.
